Anteriormente ha ostentado la cátedra en la Hochschule für Musik Carl Maria von Weber de Dresde durante dos años, así como la de profesor asistente en la Escuela Superior de Música Reina Sofía de Madrid.

Nils Mönkemeyer ha trabajado con directores como Sylvain Cambreling, Elias Grandy, Christopher Hogwood, Cornelius Meister, Mark Minkowski, Michael Sanderling, Clemens Schuldt, Karl-Heinz Steffens, Markus Stenz, Mario Venzago y Simone Young, entre otros, tocando como solista con formaciones como Tonhalle-Orchester Zürich, Helsinki Philharmonic Orchestra, Les Musiciens du Louvre, Berner Symphonieorchester, Konzerthausorchester Berlin, Philharmonischen Staatsorchester Hamburg, MDR Sinfonieorchester, NDR Rafiophilharmonie, Staatskapelle Weimar, Bremer Philharmoniker, Düsseldorfer Syphonikern o Berliner Barocksolisten.

Con sus proyectos de música de cámara –entre los que se incluyen en 2016/2017 su trío con Sabine Meyer y William Youn, The Julia Fischer Quartet, y su dúo con William Youn-, Mönkemeyer es un invitado asiduo en salas internacionales como el Wigmore Hall de Londres, Musikverein de Viena, Bozar de Bruselas, Philharmonie de Berlín y Colonia, Gewandhaus de Leipzig, Laeiszhalle de Hamburgo, Alte Oper de Frankfurt, en salas de concierto de Munich, Dresde, Baden-Baden, Düsseldorf, Stuttgart o Bremen, y en numerosos festivales.

Mönkemeyer es artista residente de la Philharmonisches Orchester Heidelberg y en 2017, director artístico del Festspielfrühling Rügen.

Nils Mönkemeyer toca una viola realizada en el taller del lutier muniqués Peter Erben.