Ha dirigido las más importantes orquestas norteamericanas: las sinfónicas de Chicago, Baltimore, Cincinnati, Montreal, Pittsburgh y Toronto, las filarmónicas de Nueva York y Los Ángeles, y las orquestas de Cleveland, Minnesota, Philadelphia y Washington, entre otras muchas.  Aparece regularmente al frente de la Boston Symphony Orchestra, tanto en su temporada de conciertos como en el festival de Tanglewood.

Como director de ópera ha dirigido grandes obras del repertorio romántico, como Der fliegende Holländer, Salome, Elektra, Ariadne auf Naxos, Duke Bluebeard o Erwartung y producciones como Eugene Onegin en Génova, La vida breve en Madrid, Le nozze di Figaro en Lausanne y Billy Budd en Bilbao.

Sus recientes y próximos compromisos incluyen una gira de España con la Orquesta Filarmónica de Londres, actuaciones de Fidelio con la ABAO, sus debuts al frente de la Tonhalle-Orchester Zürich, la Bamberger Symphoniker y la Konzerthausorchester Berlin, y su vuelta a las temporadas de la Boston Symphony Orchestra y la Minnesota Orchestra.

Con la BBC Philharmonic ha protagonizado giras por Alemania, Austria, China y Corea del Sur, Hungría, Croacia, Eslovenia y España, y tiene una presencia estable en los prestigiosos BBC Proms londinenses.

Juanjo Mena ha realizado una serie de grabaciones con la BBC Philharmonic para el sello discográfico Chandos. Los discos ya a la venta, homenajes a Alberto Ginastera, Isaac Albéniz, Manuel de Falla, Gabriel Pierné, Xabier Montsalvatge, C.M. von Weber y Joaquín Turina han obtenido grandes críticas por parte de la prensa especializada.  También ha grabado la Sinfonia Turangalîla de Messiaen, con el sello discográfico Hyperion y con la Bergen Philharmonic, catalogada por la crítica especializada como de referencia.

En 2016 Juanjo Mena fue galardonado con el Premio Nacional de Música, en la modalidad de Interpretación.

TEMPORADA 2018/19