Como director invitado, Juanjo Mena es un artista muy cotizado. Ha dirigido las más prestigiosas formaciones de Europa, incluidas la Filarmónica de Berlín, la Orquesta de la Radio de Baviera, la Orquesta Gewandhaus de Leipzig, la Filarmónica de Londres, la Filarmónica de Oslo, la Filarmónica de Rotterdam, la Orquesta Sinfónica Nacional Danesa, la Orquesta Sinfónica de la Radio Sueca, la Orquesta Nacional de Francia, Orquesta Filarmónica della Scala, Tonhalle Orchestrer Zürich, Orquesta Sinfónica de Bamberg y las Orquestas Filarmónicas de Dresde y Bergen, entre muchas otras. Colabora habitualmente con las más agrupaciones sinfónicas más importantes de España.

Tras su debut en Norteamérica con la Sinfónica de Baltimore en 2004, ha dirigido la mayoría de las principales orquestas del continente, incluyendo la Sinfónica de Chicago, la Sinfónica de Boston, la Orquesta de Cleveland, la Orquesta de Filadelfia, la Filarmónica de Nueva York, la Filarmónica de Los Ángeles, la Sinfónica de Pittsburgh, la Orquesta de Minnesota, la Orquesta Sinfónica Nacional (Washington), la Sinfónica de Cincinnati, la Sinfónica de Detroit, las Orquestas Sinfónicas de Toronto y Montreal. En Asia, dirige asiduamente la NHK Symphony Orchestra en Tokio.

En la temporada 23/24 Juanjo Mena vuelve a Nueva York para dirigir a la Orquesta del Teatro Real en el Lincoln Center, tras el histórico debut de la orquesta en el Carnegie Hall en septiembre de 2022. Sus próximos compromisos en Norteamérica incluyen proyectos con la Filarmónica de Nueva York, con Hilary Hahn como solista, Pittsburgh Symphony, Detroit Symphony y Montreal Symphony. En Europa regresa a dirigir la Orquesta Nacional de España, la Orquesta Sinfónica de Barcelona y Nacional de Cataluña, la Gürzenich Orchester de Colonia y la BBC Philharmonic, entre otras.

Como director de ópera ha abordado grandes obras del repertorio romántico, como Der fliegende Holländer, Salome, Elektra, Ariadne auf Naxos, Duke Bluebeard o Erwartung, y producciones como Eugene Onegin en Génova, La vida breve en Madrid, Le nozze di Figaro en Lausanne, Billy Budd y Fidelio en Bilbao.

El último trabajo discográfico de Juanjo Mena es la grabación de la Sinfonía nº 6 de Bruckner junto a la BBC Philharmonic, con el sello Chandos. The Classical Review lo elogió como “intensamente musical”, “impresionante” y con un “sonido espectacular”. La extensa discografía de Mena con la BBC Philharmonic en Chandos también incluye un exitoso lanzamiento de Gabriel Pierné, que fue seleccionado como Gramophone Editor’s Choice, las Sinfonías de Weber, las obras orquestales del célebre compositor argentino Ginastera, para conmemorar el centenario de su nacimiento, y nuevas grabaciones de referencia de un repertorio español en gran parte poco conocido, incluidas las obras orquestales de Arriaga, Albéniz, Montsalvatge y Turina, así como tres discos de obras de Manuel de Falla, incluida su ópera La vida breve. En 2012, Juanjo Mena grabó la Sinfonía Turangalîla de Messiaen con la Filarmónica de Bergen para el sello Hyperion, un disco que «redefine por completo los términos bajo los cuales las Turangalîlas pasadas, presentes y futuras deben ser juzgadas» (Gramophone).

Juanjo Mena estudió dirección con Sergiu Celibidache tras su formación musical en el Real Conservatorio Superior de Madrid, donde tuvo a Carmelo Bernaola y Enrique García Asensio como mentores. En 2016 fue galardonado con el Premio Nacional de Música de España. Vive con su familia en su País Vasco natal.