Tras su debut en Norteamérica con la Sinfónica de Baltimore en 2004, ha dirigido la mayoría de las principales orquestas del continente, incluyendo la Sinfónica de Chicago, la Sinfónica de Boston, la Orquesta de Cleveland, la Orquesta de Filadelfia, la Filarmónica de Nueva York, la Filarmónica de Los Ángeles, la Sinfónica de Pittsburgh, la Orquesta de Minnesota, la Sinfónica Nacional, la Sinfónica de Cincinnati, la Sinfónica de Detroit, las Orquestas Sinfónicas de Toronto y Montreal. En Asia, es un director invitado habitual de la NHK Symphony Orchestra en Tokio.

En la temporada 21/22, Juanjo Mena vuelve a dirigir a la Sinfónica de Pittsburgh, la Orquesta Sinfónica Nacional de Washington DC, la Sinfónica de Montreal, la Filarmónica de Oslo y la Filarmónica de Bergen y debuta con la Sinfónica de Atlanta, la Orquesta Gürzenich de Colonia y la Filarmónica de Japón. En la temporada 20/21, durante la pandemia, volvió a dirigir la Gewandhaus Orchestra Leipzig y la NHK Symphony, entre otras. En junio de 2022 en el Teatro Real de Madrid, Mena dirigirá la nueva producción de Juana de Arco en la hoguera de Arthur Honegger junto con La damoiselle élue de Debussy.

Su trabajo operístico incluye El Holandés errante de Wagner, Salomé de Richard Strauss, Elektra, Ariadne auf Naxos, Duke Bluebeard’s Castle de Bartók y Erwartung de Schoenberg, así como producciones de Eugene Onegin de Chaikovski en Génova, Las bodas de Fígaro de Mozart en Lausana y Fidelio de Beethoven y Billy Budd de Britten en Bilbao.

El último trabajo discográfico de Juanjo Mena es la grabación de la Sinfonía nº 6 de Bruckner junto a la BBC Philharmonic, con el sello Chandos. The Classical Review lo elogió como “intensamente musical”, “impresionante” y con un sonido espectacular. La extensa discografía de Mena con la BBC Philharmonic en Chandos también incluye un aclamado lanzamiento de Gabriel Pierné, que fue seleccionado como Gramophone Editor’s Choice, las Sinfonías de Weber, las obras orquestales de Ginastera para conmemorar el centenario del compositor y nuevas grabaciones de referencia de un repertorio español en gran parte poco conocido, incluidas las obras orquestales de  Arriaga y obras de Albéniz, Montsalvatge y Turina, así como tres discos de obras de Manuel de Falla, incluida su ópera La Vida Breve. En 2012, Juanjo Mena grabó la Sinfonía Turangalîla de Messiaen con la Filarmónica de Bergen para el sello Hyperion, un disco que «redefine por completo los términos bajo los cuales las Turangalîlas pasadas, presentes y futuras deben ser juzgadas» (Gramophone).

Juanjo Mena estudió dirección con Sergiu Celibidache tras su formación musical en el Real Conservatorio Superior de Madrid, donde tuvo a Carmelo Bernaola y Enrique García Asensio como mentores. En 2017 fue galardonado con el Premio Nacional de Música de España. Vive con su familia en su País Vasco natal.